MZKit | Data toolkits for processing NMR, MALDI MSI, MALDI single cell, Raman Spectroscopy, LC-MS and GC-MS raw data, chemoinformatics data analysis and data visualization.

Update History

Mzkit is an open source raw data file toolkit for mass spectrometry data analysis, provides by the BioNovoGene corporation. The features of mzkit inlcudes: raw data file content viewer(XIC/TIC/Mass spectrum plot), build molecule network, formula de-novo search and de-novo annotation.

This open source mass spectrometry data toolkit is developed at the BioDeep R&D laboratory and brought to you by BioNovoGene corporation.

4.5.144.3584-patch1

#Jun 26, 2023#

enhancement 在[molecular network viewer]功能中，为查看分子网络聚类谱添加目录菜单选项。
enhancement 在'FlexImaging color palette'中添加'黑色'。
fixed 修复加载Thermo Fisher下机数据进行质谱成像时出现bug问题。

4.5.139.9689

#Jun 24, 2023#

new 支持10x基因组原始数据文件导入mzkit用于切片样本成像。
new 支持mzkit中质谱成像样本的旋转，使用MSI操作菜单中的[Rotate Slide]按键即可。
new 增加离子注释表格导入质谱成像预览器，本功能需要包含目标离子'm/z值(m/z)'、'名称(name)'、'分子式(formula)'、'前体类型(precursor_type)'的csv表格文件。
new 在质谱成像预览器旁边增加了颜色范围柱，你可以通过该颜色范围柱手动调整色彩范围的变化敏感程度。这项功能对RGB质谱成像模式不适用。
new 在质谱成像预览器中查看离子m/z分布直方图。你可以在[MSI Analysis] -> [Feature Detections]菜单中找到该选项。
new 添加umap manifold + dbscan聚类用于样本图像的自动分区。
new 添加预览mzkit LCMS参考数据库包文件的应用插件，通过[Plugin Manager] -> [Reference Library Viewer]加载此功能。
new 添加使用质谱聚类树数据库的应用插件，通过[Plugin Manager] -> [Molecular Network Viewer Client]加载此功能。
enhancement 在质谱成像渲染中展示physical ruler overlap，你可以通过设置showPhysicalRuler选项关闭这种overlap。
enhancement 在质谱成像渲染中展示总离子质谱成像overlap，你可以通过设置showTotalIonOverlap选项关闭这种overlap。
enhancement 支持在质谱成像数据预览器调整离子极性模式，此选项值将影响mzkit质谱数据查看器中某些离子代谢物注释相关功能。
enhancement 在质谱成像预览器中增加多个质谱成像相关功能包括：分辨率、物理单位毫米、文件类型等。
enhancement 支持在质谱成像预览器的离子选择器中导入自定义的离子列表，数据文件必须是csv或xlsx的表格类型。
enhancement 在质谱成像原始scans数据文件合并时增加微调参数。
enhancement 在生成质谱成像热图矩阵时支持颜色主题的设置，你可以通过质谱成像热图矩阵编辑器的[Settings]列表页调整此参数。
enhancement UMAP 3D 散点图预览器目前可以在质谱成像预览器中进行交互：您可以通过鼠标单击UMAP 3D 散点图预览器中的点来选择相应的质谱成像像素点。
enhancement 支持在质谱成像预览器中导入UMAP聚类数据集作为样本图像分区的数据源。
enhancement 增加质谱成像的组织分组结果预览时调整散点图中图形点的尺寸大小选项。
enhancement 改进了靶向代谢组数据查看：可导出靶向线性模型报告的PDF版
enhancement 支持加载来自mzkit的RGB质谱成像渲染结果导出的cdf矩阵文件，默认展示RGB模式质谱渲染图。
fixed 修复R#运行环境中的后端脚本在生成质谱成像热图矩阵时可能出现的bug
update 移除分析靶向代谢组数据需要biodeep登陆的条件
update 在质谱成像组织样本区域编辑器中，添加对质谱成像样本图像中未标记像素点进行分组的选项
update 在质谱成像组织样本区域编辑器中添加查看该区域的MS1信息的选项，使用鼠标右键调用此功能。
update 为质谱成像组织样本区域的html颜色代码中添加设置自定义颜色的选项。
update 增加了从质谱成像原始数据文件中加载所有带注释的离子层的功能，你可以通过离子层选择器的鼠标上下文菜单使用这个新功能。
update 增加通过离子层选择器的鼠标上下文菜单批量导出多层质谱成像图像的功能。

本次更新版本适用于帕诺米克空间代谢组
祝您端午节平安健康！

4.1.9.5689

#Jan 20, 2023#

new 添加mzkit后台服务进程查看器。
new 重构mzkit工作台桌面应用框架，实现插件功能，mzkit应用商店上线服务即将上线!
new 在预览数据表的3D散点图时增加了个性化功能。
new 在3D散点图中预览中增加了空间代谢组组织聚类的预览。
new 添加连接云服务的新功能，用于处理质谱成像数据分析和可视化。
new 添加一个新功能，以tiff，dzi或ndpi格式查看病理样本切片!
new 新增预览核磁共振谱图原始数据。
new 新增预览3D MALDI质谱扫描数据。
new 在R#包中增加单细胞代谢组数据处理的新功能！
new 合并多个质谱成像原始数据文件为一个大的质谱成像图，并且你可以用很简单的方式自定义样本的位置。
new 增加令人兴奋的新功能：现在你能将空间转录组成像与空间代谢组成像在空间位置上进行配准！
enhancement 修复可能出现的空值参考结果与超出索引范围错误，使质谱成像预览器更稳定。
enhancement 优化了任务进程的UI界面
enhancement 在日志文件输出窗口中增加了复制与保存日志输出功能。
enhancement 在质谱矩阵预览器中增加数据上下文菜单:[Open in table view]用于将质谱结果矩阵发送到表格查看器中进行进一步的数据分析或可视化，[Save]菜单项用于将所选质谱结果矩阵导出为excel文件。
enhancement 添加快捷按钮，用于启动质谱数据文件转换工具
enhancement 优化质谱成像渲染输出后的图像处理功能。
enhancement 将[install Mzkit]按钮从内部安装包改为调用外部管道脚本来初始化R#运行环境。
enhancement 在峰查找页面增加功能按钮/上下文菜单:保存矩阵、导入矩阵、复制峰列表数据。
enhancement 增加质谱成像row scans数据合并时检查数据规范化的选项。
fixed 修复了web查询缓存系统中的bug:空缓存总会返回空的查询结果，现在已经修复了!
fixed 修正了手动去除背景时样本成像扫描宽度和高度不正确的bug。
update 优化质谱成像预览器功能，升级到v2.0版本：加入质谱成像的位置旋转。
update 在峰查找算法页面增加了的调整参数。